孔雀石绿最初应用于水产养殖的时候，还没有完善的监管制度，后来也就沿用了下来。在1990年代，陆续有研究发现：孔雀石绿在人体和环境中的残留量比较高，残留时间也很长，不仅具有直接的毒性，还具有致畸、致癌和致突变的“三致”效应。于是，世界各国纷纷禁用，中国也在2002年把它列入了养殖禁用的名单。
曾经出现的“孔雀石绿毒浸鲜鱼”事件，使人们“谈绿色变”，一度将孔雀石绿和癌症挂钩。眼下，很多消费者一听到有关癌症的说法，无论致癌，还是治癌，都能给予高度关注。
孔雀石绿是一种化学染料，同时又具有杀灭霉菌的药效，一度被当成化学消毒剂，在水产养殖疾病防治中被广泛使用。
因价廉、易得、高效、用量少，在没有被列为禁用药物之前，曾是水产养殖教科书里推荐使用的药物。
后来，随着科学研究的深入，发现它在动物体内有潜在致畸、致癌作用，可能会危害人类健康，2002年，农业部在193号公告中将其列为了禁用渔药。
水产违禁品抗原抗体
| 1、水产违禁品抗体 | |||
| 产品名称 | 灵敏度（IC50 ppb） | 材料类型 | 推荐度 |
| 孔雀石绿 | 0.03 | 抗原+抗体 | 强烈推荐 |
| 五氯酚酸钠 | 0.10 | 抗原+抗体 | 强烈推荐 |
| 氯霉素 | 0.01 | 抗原+抗体 | |
| 喹乙醇代谢物 | 0.2 | 抗原+抗体 | 强烈推荐 |
| 呋喃唑酮代谢物 | 0.025 | 抗原+抗体 | |
| 呋喃它酮代谢物 | 0.05 | 抗原+抗体 | |
| 呋喃妥因代谢物 | 0.01 | 抗原+抗体 | |
| 呋喃西林代谢物 | 0.05 | 抗原+抗体 | |
